Ένας υγροβιότοπος, ένα παράλιο πευκοδάσος, μία πηγή, μία χερσόνησος, ένας λόφος και ένας μαγευτικός όρμος. Αυτό είναι το ανάγλυφο τοπίο που συνθέτει το σημαντικότερο παράκτιο οικοσύστημα της Αττικής. Μια έκταση 13,84 τετραγωνικών χιλιομέτρων στην οποία ο ρόλος του νερού είναι κυρίαρχος καθώς ξεκινά από πηγές και ρέει προς τη θάλασσα συντηρώντας έλη, λίμνες και ρυάκια. Στο Εθνικό Πάρκο Σχινιά μπορεί κανείς να συναντήσει αλεπούδες, ασβούς, σκαντζόχοιρους, λαγούς, ερπετά, χελώνες, βάτραχους…
Κάθε χρόνο προσελκύει χιλιάδες επισκέπτες για αναψυχή (απόλαυση ακτών, κολύμπι, θαλάσσια σπορ), την παρατήρηση πτηνών και την απόλαυση του τοπίου.
Ιστορικά ο χώρος ταυτίζεται με το πεδίο της Μάχης του Μαραθώνα, και συγκεκριμένα με το στρατόπεδο των Περσών, ενώ το Τρόπαιο της Μάχης βρίσκεται σε πολύ κοντινή απόσταση. Σε αυτό περιλαμβάνεται επίσης και το Ολυμπιακό Κωπηλατοδρόμιο.
Η περιοχή ανήκει στο δίκτυο Natura 2000 με κωδικό αριθμό GR 3000003 με συνολικά 19 τύπους ενδιαιτημάτων, 115 είδη πτηνών με δυνητική ποικιλότητα 215 ειδών ενώ υπάρχουν απειλούμενα είδη ψαριών γλυκού νερού, αμφιβίων και ερπετών. Το Εθνικό Πάρκο Σχινιά αποτελείται από τα ακόλουθα οικοσυστήματα:
1. Πευκοδάσος Σχινιά: Το παράλιο πευκοδάσος (ένα από τα ελάχιστα εναπομείναντα στην Ευρώπη) βρίσκεται μεταξύ του υγροτόπου και της θάλασσας, σε αμμώδη έκταση με αμμοθίνες και είναι ένα από τα τρία δάση κουκουναριάς στην Ελλάδα. Η κουκουναριά (Pinus pinea) με τη χαρακτηριστική κόμη που θυμίζει ομπρέλα, εξαπλώνεται κυρίως στα δυτικά του δάσους, ενώ προς τα ανατολικά συνυπάρχει με τη χαλέπιο πεύκη (Pinus halepensis), η οποία σταδιακά την αντικαθιστά.
2. Χερσόνησος Κυνοσούρα: Η χερσόνησος Κυνοσούρας και ο λόφος της Δρακονέρας είναι ασβεστολιθικοί σχηματισμοί, που διαθέτουν θαμνώδη, μεσογειακή βλάστηση με κυρίαρχο είδος τον θάμνο Juniperus phoenicea. Η χερσόνησος της Κυνοσούρας έχει υποστεί ελάχιστες αλλοιώσεις και παρουσιάζει υψηλή βιοποικιλότητα. Στη χλωρίδα περιλαμβάνεται και το ενδημικό γεώφυτο Fritillaria obliqua subsp obliqua, υποείδος που κινδυνεύει να εξαφανιστεί.
3. Μακαρία Πηγή: Η Μακαρία Πηγή αναβλύζει στο βορειοδυτικό άκρο του Εθνικού Πάρκου, συντηρώντας δύο λίμνες γλυκού έως υφάλμυρου νερού. Οι λίμνες διαθέτουν υδρόβια και παρόχθια βλάστηση με καλάμια. Εκεί ζει ένα μικρό ενδημικό ψάρι, η ντάσκα, με την επιστημονική ονομασία Pseudophoxinus stymphalicus subsp. marathonicus. Η φυσική ροή της πηγής έχει πλέον αποκατασταθεί και σήμερα ο κύριος όγκος των νερών της ρέει προς τον υγρότοπο μέσω του κωπηλατοδρομίου. Στο τεχνητό κανάλι που παροχέτευε παλιότερα το σύνολο των νερών της πηγής στη θάλασσα, διοχετεύεται σήμερα οικολογική παροχή, για να διατηρηθεί η βλάστηση που αναπτύχθηκε, όπως τα υδροχαρή φυτά στην επιφάνεια των νερών και τα φύκη του γένους Chara στο βυθό του καναλιού.
4. Υγρότοπος Σχινιά: Με γλυκό, υφάλμυρο και αλμυρό νερό, καλαμιώνες, αλμυρίκια, αλοφυτική βλάστηση και υγρά λιβάδια, ο οποίος κατακλύζεται περιοδικά. Απαντάται μεγάλη ποικιλία απειλούμενης ορνιθοπανίδας, όπως τα είδη Ardea purpurea, Ardeola ralloides, Circus aeruginosus, Circus pygargus, Cisticola juncidis, Egretta garzetta, Ixobrychus minutus, Plegadis falcinellus.
5. Λίμνη Στόμι: Το χαμηλότερο τμήμα του υγροτόπου, στην ανατολική του άκρη, πλημμυρίζει εποχικά με αλμυρό νερό. Στην περιοχή συναντώνται το σπάνιο ορχεοειδές Orchis palustris και απειλούμενα υδρόβια πουλιά, όπως τα είδη Phoenicopterus ruber, Falco naumanni και Himantopus himantopus.
6. Κόλπος Σχινιά: Στον αμμώδη βυθό του είναι παρούσα η ποσειδωνία (Posidonia oceanica), φυτό που αναπτύσσεται μόνο σε καθαρά νερά. Στα υποθαλάσσια λιβάδια της ποσειδωνίας ζει και αναπαράγεται μεγάλη ποικιλία θαλάσσιας πανίδας. Προς την βραχώδη πλευρά της Κυνοσούρας, αναπτύσσεται διαφορετική υποθαλάσσια βλάστηση με ανώτερα φύκη.